داستان silent hill 3 ادامه‌ای مستقیم بر نسخه اول است. پس از آن‌که هری مِیسِن وارد شهر سایلنت هیل می‌شود و دختر خوانده خود، چِریل، را گم می‌کند در ادامه با دختری به نام آلِسا آشنا می‌شود و در آخر با شکست دادن ساموئل و بر هم زدن نقشه‌های شیطانی زنی به اسم داهلیا، دخترش دوباره متولد می‌شود. هری آن نوزاد را با نام هِدِر در شهر دیگری بزرگ می‌کند.


بازی از جایی شروع می‌شود که هدر میسن در یک شهربازی متروکه و تاریک با ظاهری شیطانی تک و تنهاست. او از میان هیولاها راه خود را باز می‌کند تا این‌که تنها مسیر قابل عبور را ریل‌های ترن هوایی می‌بیند. او در اواسط راه بر روی ریل‌ها در حال راه رفتن است که ترن هوایی روشن شده و با سرعت به او نزدیک می‌شود. درست قبل از برخورد ترن هوایی با او، وی از خواب بیدار می‌شود و متوجه می‌شود در حال کابوس دیدن بوده است. هدر درون کافه در مرکز خرید نشسته. وی از جای خود بلند می‌شود و با تلفن عمومی با پدر خود تماس می‌گیرد که به زودی به خانه بازخواهد گشت. در همین حین، او متوجه می‌شود مردی که بارانی بلندی به تن کرده و کلاه بر سر دارد، او را تعقیب می‌کند. این مرد خود را داگلاس معرفی می‌کند، کارآگاهی خصوصی که استخدام شده تا او را پیدا کند.
هدر از دست او می‌گریزد و وارد سرویس بهداشتی زنانه می‌شود. در آن‌جا علامت عجیبی روی آینه می‌بیند که برایش بسیار آشناست. او از طریق پنجره خارج می‌شود اما همچنان درون مرکز خرید است. به طرز عجیبی تمامی مغازه‌های مرکز خرید تعطیل و مردم غیبشان زده است. او پس از پیدا کردن مسیر، مغازه‌ای نیمه باز را دیده، واردش شده و ناگهان در مغازه با صحنه وحشتناکی مواجه می‌شود، هیولایی در حال خوردن جسد فردی بی‌جان. خوشبختانه اسلحه‌ای روی زمین افتاده و هدر با سرعت آن را برمی‌دارد و هیولا را از بین می‌برد.
در ادامه، پس از حل چند معما و پیدا کردن مسیر درست، هدر در یکی از راهروها با زنی مرموز روبه‌رو می‌شود که حرف‌های عجیبی می‌زند. زن که کلاودیا نام دارد، می‌گوید هیولاها آمده‌اند تا شاهد شکل گرفتن بهشت باشند و هدر باید خود واقعی‌اش را پیدا کند و تمامی این‌ها به خواست خدا است. هدر دچار سردرد می‌شود و بر روی زمین می‌افتد و وقتی از جایش بلند می‌شود، خبری از زن نیست. در ادامه هدر به آسانسور می‌رسد و پس از خروج، در طبقه‌ای دیگر متوجه تغییر وضعیت می‌شود. حالا همه جا خون‌آلود است و پر از هیولا. هدر با کشتن هیولاها به راه خود ادامه می‌دهد تا این‌که به یک فضای باز می‌رسد که در وسط آن نردبانی به سمت پایین راه دارد. اما مسیر نردبان آن قدر به اعماق راه دارد که انتهای آن قابل رویت نیست. هدر از نردبان پایین می‌رود و در انتها با هیولایی عظیم مبارزه می‌کند و پیروز می‌شود. هدر با خود فکر می‌کند بهترین راه برای رسیدن به خانه از طریق ایستگاه مترو خواهد بود پس راهی هدف جدید خود می‌شود که در ورودی ایستگاه با داگلاس روبه‌رو می‌شود. داگلاس مدعی است کلاودیا او را استخدام کرده و به نظر می‌رسد تمامی اتفاقات عجیب هم زیر سر او است.
هدر توسط این نردبان به اعماق سفر می‌کند و در انتها با هیولایی عظیم روبه‌رو می‌شود
هدر دوباره از دست او فرار می‌کند و متوجه می‌شود مسیرهای مترو مسدود هستند، پس با حل معما و پیدا کردن مسیر به مکانی می‌رسد که قطار مورد نظرش در آنجاست. او سوار مترو شده و قطار در ناکجاآباد او را پیاده می‌کند. او حالا در آپارتمانی متروکه است. هدر کمی جلوتر در یکی از اتاق‌ها، با وان عجیبی روبه‌رو می‌شود. از سر کنجکاوی شیر آب را باز می‌کند اما به جای آب، خون بیرون می‌آید و دوباره دچار سردرد شدیدی می‌شود و به زمین می‌افتد. وقتی از جای خود بلند می‌شود، اطرافش را خونین و شبیه کابوس می‌بیند. در ادامه، او وارد اتاق دیگری شده و با فردی آشنا می‌شود که در کمال آرامش به دور از تنش‌های درون آپارتمان و هیولاها، پشت میز کار خود نشسته است. او وینسنت نام دارد و به هدر توضیح می‌دهد که در این جریان دو جناح وجود دارد. جناح هدر و کلاودیا و وینسنت مدعی می‌شود که در جناح هدر است. او دیوانگی کلاودیا را مربوط به مادر او یعنی داهلیا می‌داند. وینسنت مدعی می‌شود که هری پدر واقعی او نیست و مادرش داهلیاست. هدر شخصیت او را عجیب می‌یابد و حرف‌های او را نادید گرفته و اتاق را ترک می‌کند.
در ادامه هدر متوجه می‌شود مسیر به خاطر وجود هیولایی مسدود شده است. پس به دنبال راهی می‌گردد تا از شر آن هیولا خلاص شود. هدر داستانی پیدا می‌کند که در آن هیولایی مزاحم اهالی دهکده می‌شود و پادشاه در نهایت با طلسمی از شر هیولا خلاص شود. هدر با بر زبان آوردن آن وِرد، مسیر خود را باز می‌کند و هیولا ناپدید می‌شود. او به راه خود ادامه می‌دهد و وارد خیابان می‌شود و به آپارتمان خود می‌رسد، از پله‌ها بالا می‌رود و در خانه را باز می‌کند و با وحشتناک‌ترین صحنه ممکن مواجه می‌شود. او پدرش، هری میسن، شخصیت اصلی silent hill 1 را در حالی که جلوی تلوزیون روی صندلی غرق در خون است می‌یابد. هدر که شوکه شده است، به پاهای پدر کشته شده‌اش می‌افتد و شروع به گریه کردن می‌کند. کمی بعد هدر متوجه رد پای خونینی می‌شود که از طریق راه پله اضطراری به پشت‌بام راه پیدا کرده است. او رد پا را دنبال و می‌کند و بر روی پشت‌بام با کلاودیا روبه‌رو می‌شود. او مدعی است که با کشتن هری، انتقام کاری که هفده سال پیش انجام داد را گرفته است؛ یعنی از بین بردن ساموئل. علاوه بر این، با این کار خشم و نفرت را در دل هدر کاشته و این برای احضار کردن خدا لازم است. کلاودیا هیولایی را احضار می‌کند و به هدر می‌گوید در سایلنت هیل منتظرش است و ناپدید می‌شود. هدر پس از کشتن هیولا به آپارتمان باز می‌گردد و در آن جا با داگلاس روبه‌رو می‌شود.
درون بازی با انواع صحنه‌های ترسناک روبه رو می‌شویم، اما برای من مواجهه با جسد هری ترسناک‌ترین سکانس بازی‌ است
آن دو، جسد هری را به اتاق دیگری برده و وکشی سفید و دسته گلی روی او می‌گذارند. هدر به داگلاس می‌گوید که به سایلنت هیل خواهد رفت تا از کلاودیا انتقام بگیرد. داگلاس به او می‌گوید که همراهش خواهد آمد؛ علاوه بر این می‌گوید که مردی به نام وینسنت گفته است که شخصی به نام لئونارد را پیدا کنند. سپس داگلاس دفتر هری را به هدر می‌دهد و از طریق نوشته‌های درون آن، متوجه اتفاقات نسخه اول می‌شود. وقتی آن دو به سایلنت هیل می‌رسند، از یکدیگر جدا می‌شوند تا لئونارد را پیدا کنند. هدر به بیمارستان شهر می‌رود و با توجه به پرونده‌های ثبت شده، متوجه می‌شود لئونارد در بیمارستان است اما اتاقی که او در آن بستری شده قفل است. در ادامه، بیمارستان تبدیل به یک کابوس‌ و هدر با خطرات بیشتری روبه‌رو می‌شود. او در انتها با توجه به برگه‌هایی که پیدا می‌کند، متوجه می‌شود با ریختن خون روی یکی از جایگاه‌ها به مسیر جدیدی دست خواهد یافت. او این کار را می‌کند و مسیر جدید توسط نردبانی به اعماق زمین نمایان می‌شود. او پایین می‌رود و لئونارد را در شمایل هیولا پیدا می‌کند. لئونارد حرف‌های عجیبی می‌زند و می‌گوید خدای او با خدای کلاودیا متفاوت است و باید جلوی دخترش گرفته و به هدر حمله‌ور می‌شود. هدر او را از بین می‌برد و شی عجیبی شبیه به طلسم پیدا می‌کند.
او به هتل برمی‌گردد تا داگلاس را ببیند اما به جای او، وینسنت را ملاقات می‌کند. وینسنت به او می‌گوید که داگلاس به او گفته است تا به هدر بگوید که وی راهی کلیسا شده و او را در آن‌جا پیدا کند چون کلاودیا آن‌جاست. وینسنت به او تذکر می‌دهد که تنها راه رسیدن به کلیسا عبور از شهربازی است. هدر راهی شهربازی می‌شود و آن جا را درست شبیه به کابوسی که در مرکز خرید دیده بود می‌یابد. پس این بار قبل از عبور از ریل، مسیر ترن را عوض می‌کند. طی کات‌سین، ما داگلاس را می‌بینیم که در حال بحث با کلاودیا است. به او می‌گوید که دروغ گفته‌ای و هدر ربوده نشده بود. کلاودیا مدعی می‌شود که هدر شست و شوی مغزی شده است. پس از اتمام کات‌سین، هدر باید از عمارتی عبور کند که صدایی مرموز در حال بازی و سر به سر گذاشتن اوست و قصد ترساندنش را دارد. پس از خروج از عمارت، هدر داگالاس را پیدا می‌کند در حالی که نقش بر زمین است و پایش آسیب دیده. هدر به سمت او می‌دود و داگلاس می‌گوید که نگران نباشد چون اتفاقات بدتر از این را نیز گذرانده است.
جالب‌ترین جای بازی برای من این عمارت مرموز بود. جایی که شخصی از طریق بلندگو سر به سر هدر می‌گذارد و داستان‌های مخوفی برای ترساندن او بازگو می‌کند
هدر به راه خود ادامه می‌دهد و با نسخه شیطانی خود روبه‌رو می‌شود و پس از شکست دادن آن، به کلیسا می‌رسد. او در آن‌جا با کلاودیا مواجه می‌شود اما قبل از اینکه او را بکشد، درد تمام بدنش را فرا می‌گیرد و به زمین می‌افتد. کلاودیا قبل از خروج به هدر متذکر می‌شود دچار درد شده‌ زیرا خدا در وجود او در حال رشد کردن است. هدر به راه خود ادامه می‌دهد اما هر چه پیشروی می‌کند، مکان‌های اطراف او شیطانی‌تر می‌شوند و گوشت و خون بیشتری اطرافش را فرا می‌گیرد. او در اتاق، کتاب‌خانه وینسنت را پیدا می‌کند. وینسنت توضیح می‌دهد که او هم به خدای کلاودیا اعتقاد دارد اما اعمال خواهرش و نحوه احضار کردن خدا را قبول ندارد، برای همین در جناح هدر است.
پس از ورود به کلیسا، اتمسفر بازی به بالاترین حد خود می‌رسد
این دو از یکدیگر جدا می‌شوند و هدر پس از حل معماهای بسیار و پیدا کردن مسیر، به محراب اصلی کلیسا راه پیدا می‌کند و در آن‌جا با وینسنت و کلاودیا رو به رو می‌شود که در حال بحث هستند. وینسنت اعمال کلاودیا را زیر سوال می‌برد و کلاودیا هم او را مرتد خطاب کرده و او را به قتل می‌رساند. درست قبل از مردن، وینسنت به هدر می‌گوید تا از طلسمی که از طریق لئونارد به دست آورده استفاده کند. هدر این کار را می‌کند و تمام بدنش قرمز رنگ می‌شود؛ سپس جنین که در بدنش است را از طریق دهان بیرون می‌اندازد. خشم سراسر بدن کلاودیا را دربرد می‌گیرد و می‌گوید تو نمی‌توانی جلوی تولد خدا را بگیری. کلاودیا هدر را به گوشه‌ای پرت می‌کند و جنین را می‌بلعد تا خدا در بدن او رشد کند. کلاودیا تعادل خود را از دست می‌دهد و به درون چاله‌ای که در وسط محراب است، سقوط می‌کند. هدر او را دنبال می‌کند و به درون چاله می‌رود. کلاودیا حالا به هیولایی عظیم تبدیل شده و هدر پس از نبرد او را شکست می‌دهد و این‌گونه جلوی اجرا شدن نقشه‌های شیطانی کلاودیا را می‌گیرد. او به شهربازی برمی‌گردد و به سراغ داگلاس می‌رود که همچنان همان جای قبلی نشسته است.
کلاودیا به هیولایی عظیم و قدرتمند تبدیل می‌شود اما هدر او را شکست می‌دهد
هدر تصمیم می‌گیرد تا با او شوخی کند پس به سراغ مرد می‌رود و می‌گوید: «آماده مردن شو!» و سلاح را سمت او می‌گیرد اما بعد شروع به خندیدن می‌کند و می‌گوید که همه چیز تمام شده است. او به داگلاس متذکر می‌شود تا از این به بعد تصمیم گرفته است با نام اصلی‌اش صدا زده شود، نامی که پدرش برای او انتخاب کرده است؛ یعنی چِریل مِیسِن.

گیمفا