با توجه به توصیفات شما و در نظر گرفتن اینکه نسخه ی پشتیبان را هم برگردوندید و درست نشده دو احتمال قوی تره
1.ویروسی بودن دستگاه . ویروس در پارتیشنهای دیگه و فلش مموری و ... و حتی بوت سکتور مخفی میشه و با بازیابی مجدد ویندوز خودش رو تکثیر میکنه
2.بدسکتور داشتن هارد
هر کدوم از اینها راه حلهای اساسی خاص خودشون رو داره . ممکنه ویروس کش فعلی شما نتونسته خوب عمل کنه .
چک کردن سلامت هارد با برنامه ی HD Tune از سربرگ Health یک شات اینجا بگذارید . ویروس کش هم فعلاً که اوضاع مشکوکه پیشنهادم روی کاسپرسکی هست
گرچه راه بهترش اینه که هارد رو باز کرده و بوسیله ی باکس به یک سیستم کاملاً امن وصل و عمل اسکن انجام بشه