داستان بازی در سال 1960 در اعماق دریا اتفاق می افتد داستان بازی با سقوط هواپیمای قهرمان بازی در اقیانوس شروع می شود.
قهرمان ما که تنها باز مانده سقوط هواپیما است درست در لحظاتی که در اقیانوس گرفتار شده است متوجه یک فانوس دریایی قدیمی می شود که سر از آب در آورده است او که راه دیگری ندارد به سمت فانوس دریایی می رود و از پله های آن پایین می رود و به یک بالا بر زیر دریایی می رسد که جسدی در آن قرار دارد قهرمان ما وارد بالابر می شود و در اقیانوس پایین می رود تا به یک شهر عظیم زیر دریایی برسد این شهر به رپچر معروف است که پس از پایان جنگ جهانی دوم توسط اندرو رایان ساخته شده است .
هدف از ساخت رپچر فرار از وحشی گری ها و هنجار های دست و پا گیر و خلق دنیایی جدید برای زندگی نسل برگزیده انسان ها بوده و این اجتماع پیشرفته تمام ویژگی های آرمان یک شهر را در خود دارد تنها افرادی حق زندگی در رپچر را دارند که از لحاظ ژنتیکی نمونه باشند آن ها برای فرار از درد سر های روز مره به رپچر می روند و تا فارغ از قوانین دست و پا گیر حکومت ها و...، در راحتی و خوشبختی مطلق زندگی کنند.
سرعت پیشرفت تکنولوژی در رپچر چنان شتاب می گیرد که دانش و فرهنگ مردم آن در مسیری متفاوت از دنیا خارج رشد می کند.
به لطف تلاش دانشمندان ، ساکنان رپچر به تکنولوژی بسیار پیشرفته ای دست پیدا می کنند که به ان ها اجازه می دهد که به کمک ماده ای از بدن یک راب دریایی (حلزون بدو صدف) به نام آدام استخراج می شود آسیب های نا علاج را در مان در ساختار ژنتیکی خود تغییر ایجاد کند و ویژگی های ممتاز خود را پیش از پیش تقویت کند.
در مراحله اولیه آدام صرفا برای افزایش زیبایی ظاهری استفاده می شود . ولی با افزایش استفاده از آن مشخص می شود این ماده مرموز می تواند توانایی های فیزیکی وذهنی انسان را افزایش دهد استفاده از آدام گسترش پیدا می کند و حالت عمومی به خود می گیرد این ماده آنچنان طرفدار پیدا می کند که ساکنان رپچر از ان به عنوان واحد پولی خود استفاده می کنند.
در این میاد مردی به نام فونتاین از فرصت استفاده می کند و با به دست گرفتن کنترل خرید فروش آدام به یک قدرت بلامنازع در دنیای رپچر تبدیل می شود . او و رایان با هم در گیر می شوند و در دنیایی که برای فرار از جنگ ساخته شده بود یک جنگ داخلی در میگیرد . در جریان جنگ مشخص می شود استفاده از آدام می تواند توانایی های غیر طبیعی زیستی در انسان ایجاد کند ولی این امر به بهای از دست دادن بخشی از انسانیت و قوای عقلانی فرد تمام می شود طرفین درگیر برای پیروزی از آدام استفاده می کنند و در نهایت رایان پیروز میشود ، اما استفاده از آدام آثار مصیبت باری به ارمغان می آورد و ساکنان رپچر به موجوداتی وحشتناک به نام اسپلایسر تبدیل می شوند که نیاز مصرف آدام آن ها به سر حد جنون رسانده است ساکنان رپچر نسل راب دریایی را منقرض می کنند و به این ترتیب تنها منبع تولید آدام از بین می رود و اسپلایسر ها برای به دست آوردن آن همدیگر را هدف قرار می دهند این موجودات شروع به نابودی سرزمین خود می کنند ساختمان رپچر شروع به تخریب می کند و آب اقانوس از دیوار های ترک خورده آن نشت می کند به این ترتیب نسل برگیزیده رپچر شهر زیر دریایی خود را به جهنمی تبدیل می کنند که قهرمان بخت برگشته ما چند سال بعد گرفتارش می شود.