سلام.
بهروز جان همونطور که گفتم از طریق ویندوز میشه نرم افزارها رو هم نصب کرد.البته بعضی از Setup ها رو هم پشتیبانی نمیکنه.برای نصب خودکار برنامه ها باید یه انسر فایل بسازی و دستور نصب خودکار برنامه ها رو توش بدی.برای ساخت انسر فایل می تونی از اسکریپت نویسی استفده کنی،همچنین می تونی از ابزارهای داخل CD ویندوز و یا نرم افزارهایی مثل unattend Maker و غیره استفاده کنی.
در روشی هم که گفتم شما فقط کافی درایورها رو نصب نکنی و بعد از نصب ریکاور کردن درایورهای هر سیستم رو نصب کنی.اینجوری هیچ مشکلی پیش نمی یاد.