اولین چالشی که پروزه اینترنت ملی داشت جداسازی ترافیک داخلی و خارجی بود که چند سال طول کشید تا بطور کامل تونستند انجامش بدند. اما چالش بعدی لایه بندی کردن شبکه و دادن اجازه دسترسی متغیر به لایه های مختلف بود. این مورد در دو روز اخیر اجرایی شده و در حال حاضر این مورد رو هم پشت سر گذاشتن که البته محیطی برای تست براشون فراهم شده در ابعاد کل کشور و زمان طولانی.
در حاضر موسسات، سازمانها، پژوهشکده ها، صاحبان کسب و کار مجاز، سایتها، خبرگزاری ها و البته دیتاسنترها، به شبکه جهانی متصل هستند که نوع تفکیک مجوزهای استفاده نشون میده این بخش از پروزه اینترنت ملی هم تکمیل شده.