در عرف مردم ایران، شیخ بهائی به مهارت در ریاضی و معماری و مهندسی معروف بوده و هنوز هم به همین صفت معروف است، چنانكه معماری مسجد امام اصفهان و مهندسی حصار نجف را به او نسبت می دهند. و نیز شاخصی برای تعیین اوقات شبانه روز از روی سایه آفتاب یا به اصطلاح فنی، ساعت آفتاب یا صفحه آفتابی و یا ساعت ظلی در مغرب مسجد امام (مسجد شاه سابق) در اصفهان هست كه می گویند وی ساخته است.
در احاطه وی در مهندسی مساحی تردید نیست و بهترین نمونه كه هنوز در میان است، نخست تقسیم آب زاینده رود به محلات اصفهان و قرای مجاور رودخانه است كه معروف است هیئتی در آن زمان از جانب شاه عباس به ریاست شیخ بهائی مأمور شده و ترتیب بسیار دقیق و درستی با منتهای عدالت و دقت علمی در باب حق آب هر ده و آبادی و محله و بردن آب و ساختن مادیها داده اند كه هنوز به همان ترتیب معمول است و اصل طومار آن در اصفهان هست.
دیگر از كارهای علمی كه به بهائی نسبت می دهند طرح ریزی كاریز نجف آباد اصفهان است كه به نام قنات زرین كمر، یكی از بزرگترین كاریزهای ایران است و از مظهر قنات تا انتهای آبخور آن 9 فرسنگ است و به 11 جوی بسیار بزرگ تقسیم می شود و طرح ریزی این كاریز را نیز از مرحوم بهائی می دانند.
دیگر از كارهای شیخ بهائی، تعیین سمت قبله مسجد امام به مقیاس چهل درجه انحراف غربی از نقطه جنوب و خاتمه دادن به یك سلسله اختلاف نظر بود كه مفتیان ابتدای عهد صفوی راجع به تشخیص قبله عراقین در مدت یك قرن و نیم اختلاف داشته اند.
یكی دیگر از كارهای شگفت كه به بهائی نسبت می دهند، ساختمان گلخن گرمابه ای كه هنوز در اصفهان مانده و به حمام شیخ بهائی یا حمام شیخ معروف است و آن حمام در میان مسجد جامع و هارونیه در بازار كهنه نزدیك بقعه معروف به درب امام واقع است و مردم اصفهان از دیر باز همواره عقیده داشته اند كه گلخن آن گرمابه را بهائی چنان ساخته كه با شمعی گرم می شد و در زیر پاتیل گلخن فضای تهی تعبیه كرده و شمعی افروخته در میان آن گذاشته و آن فضا را بسته بود و شمع تا مدتهای مدیدهمچنان می سوخت و آب حمام بدان وسیله گرم می شد و خود گفته بود كه اگر روزی آن فضا را بشكافند، شمع خاموش خواهد شد و گلخن از كار می افتد و چون پس از مدتی به تعمیر گرمابه پرداختند و آن محوطه را شكافتند، فوراً شمع خاموش شد و دیگر از آن پس نتوانستند بسازند. همچنین طراحی منارجنبان اصفهان كه هم اكنون نیز پا برجاست به او نسبت داده می شود.