روش آنالیز مولفه های اصلی ( PCA ) زمانی یکی از مهمترین روش های رسته بندی در بوم شناسی بود . گرایش وافر به استفاده از این روش به خاطر ظرافت آشکار محاسباتی و
از همه مهمتر قابلیت دسترسی به آن در نرم افزار های رایانه ای است . کارشناس میتواند به
آسانی داده های خود را در کامپیوتر وارد کرده و با استفاده از برنامه رایانه ای ، مختصات واحد های
نمونه ای را برای رسته بندی واحد های نمونه به دست آورند ، بدون آنکه در انتخاب ضرایب تشابه
مناسب و یا چگونگی انتخاب واحد های نمونه ای انتهایی مشکلی وجود داشته باشد .
با گذشت زمان در روش آنالیز مولفه های اصلی به عنوان یک روش رسته بندی مشکلاتی آشکار
گردید و تحقیقاتی را برای ابداع روشهای دیگر به دنبال داشت . در هر صورت ، وقتی از روش آنالیز
مولفه های اصلی در دامنه محدودیت های مفروض استفاده گردد ، این روش به عنوان روش
ارزشمند در رسته بندی عمل میکند .
این روش اولین بار توسط گودال در اکولوژی مورد استفاده قرار گرفت . این روش اساسا یک
روش آماری چند متغیره میباشد که با ساختار درونی ماتریس ها سرو کار دارد . آنالیز مولفه های
اصلی ، روشی است که در آن ماتریس تشابهات به مجموعه ای از محور ها یا مولفه های عمود
بر هم تجزیه میگردد .در این روش هر محور با یک مقدار ویژه ( Eigen value) از ماتریس متناظر
میباشد . مقدار ویژه هر محور یا مولفه عبارت است از واریانس محاسبه شده برای آن محور .
روش آنالیز مولفه های اصلی به عنوان یکی از روش های رسته بندی آنالیز ویژه ( Eigen Analyses )
شناخته میشو د . در آنالیز مولفه های اصلی مقادیر ویژه ماتریس تشابه طبق روند نزولی
تلخیص میگردند ، به نحوی که مولفه های متناظر در آنالیز مولفه اصلی معرف روند نزولی
تغییرات در ماتریس میباشد . بنابریان محور های اولیه در آنالیز مولفه های اصلی که
واحد های نمونه ای بر روی آن موقعیت یابی میشوند ، بیشترین درصد از مجموع تغییرات قابل
تعریف را معرفی مینماید .نتایج به دست آمده به صورت دستگاه مختصات خلاصه شده ای است
که اطلاعاتی را درباره شباهت های اکولوژیکی بین واحد های نمونه ای بیان میکند